一、实体公正层面
（一）冤假错案风险增加
在认罪认罚制度实施过程中，部分司法人员为追求高适用率，可能会出现诱导嫌疑人认罪、忽视证据审查等不当行为，从而导致冤假错案风险显著增加。由于司法机关将 “认罪认罚适用率” 作为重要的绩效考核指标，一些侦查人员为达到考核目标，可能会采用暗示 “不认罪即重判” 等方式，迫使嫌疑人妥协认罪，严重违背了自愿陈述原则。此外，嫌疑人一旦在检察院阶段签署 “认罪认罚具结书”，在法院审判阶段想要翻供做无罪陈述就变得极为困难，甚至还可能面临加重判罚的风险。这种情况使得嫌疑人即使是受到冤枉，也可能因惧怕加重刑罚而不敢轻易翻供，进一步增加了冤假错案发生的可能性。（二） 量刑失衡问题突出
在认罪认罚案件中，量刑失衡问题较为突出，这主要体现在不同地区或不同案件中量刑差异明显，严重影响了司法公正和法律的权威性。不同地区在经济发展水平、司法资源状况、司法人员观念等方面存在差异，这些因素导致了认罪认罚案件量刑标准的不统一。这种地区间的量刑差异，使得犯罪嫌疑人在不同地区面临不同的刑罚结果，严重违背了法律面前人人平等的原则，也容易引发公众对司法公正性的质疑。
在同一地区的不同案件中，也存在量刑失衡的情况。这主要是由于检察官在量刑建议方面拥有较大的自由裁量权，而相关的监督和制约机制又不够完善。量刑失衡问题还体现在对一些特殊群体或特殊案件的处理上。在某些职务犯罪案件中，犯罪嫌疑人利用职权实施犯罪，给国家和社会造成了重大损失，但由于其认罪认罚，可能会获得较大幅度的从轻处罚，这与普通民众对公平正义的认知存在偏差。在一些涉黑涉恶案件中，部分成员虽认罪认罚，但因其在犯罪组织中的地位和作用不同，量刑时却未能充分体现出这种差异，导致量刑结果未能准确反映犯罪的社会危害性和被告人的罪责 。这些情况都表明，量刑建议标准的不统一以及检察官自由裁量权过大，严重影响了量刑的公正性，亟待通过完善相关制度和加强监督来加以解决。
二、程序正义层面
（一） 权力制约机制削弱
在认罪认罚案件中，权力制约机制的削弱是一个不容忽视的问题，这主要体现在侦查机关、检察机关权力行使缺乏有效监督和制衡，可能导致权力滥用，损害司法公正。侦查机关在办理认罪认罚案件时，存在滥用强制措施的现象。在一些案件中，侦查机关为了获取犯罪嫌疑人的认罪供述，可能会过度适用强制措施，如对一些情节较轻、社会危害性较小的犯罪嫌疑人，本可不采取逮捕措施，但侦查机关却以犯罪嫌疑人不认罪认罚为由，对其进行逮捕，限制其人身自由。这种做法不仅侵犯了犯罪嫌疑人的合法权益，也使得侦查机关在案件办理过程中缺乏有效的外部制约，容易导致侦查权的滥用。
检察机关在认罪认罚案件中拥有较大的量刑建议主导权，这在一定程度上削弱了法院的审判权，导致权力制约失衡。根据相关法律规定，对于认罪认罚案件，人民法院依法作出判决时，一般应当采纳人民检察院指控的罪名和量刑建议 。这使得检察机关的量刑建议在很大程度上具有了决定性作用，法院对量刑建议的审查往往流于形式。
此外，在认罪认罚案件中，辩护权的行使也受到一定程度的限制，难以对控方形成有效的制约。犯罪嫌疑人在侦查阶段往往因缺乏法律知识和专业律师的帮助，无法充分行使辩护权，对侦查机关的侦查行为进行监督和制约。在审查起诉阶段，虽然有值班律师提供法律帮助，但由于值班律师的工作时间、精力有限，且与犯罪嫌疑人沟通时间较短，难以全面了解案件情况，为犯罪嫌疑人提供有效的辩护 。
（二） 权利保障机制虚化
在认罪认罚案件中，嫌疑人的权利保障机制存在虚化问题，这在侦查、审查起诉和审判等多个阶段均有体现，严重影响了嫌疑人的合法权益和司法公正。在侦查阶段，嫌疑人往往面临法律帮助不足的困境。根据相关规定，犯罪嫌疑人自被侦查机关第一次讯问或者采取强制措施之日起，有权委托辩护人；在押的犯罪嫌疑人也可以由其监护人、近亲属代为委托辩护人 。但在实践中，许多犯罪嫌疑人因经济困难等原因无法聘请律师，虽然法律规定可以由值班律师为其提供法律帮助，但值班律师制度在实施过程中存在诸多问题。值班律师的工作时间和精力有限，难以满足大量犯罪嫌疑人的法律需求。一些值班律师在提供法律帮助时，只是简单地告知犯罪嫌疑人认罪认罚的法律后果，未能深入了解案件情况，为犯罪嫌疑人提供实质性的法律建议和辩护 。
审查起诉阶段，嫌疑人的知情权存在形式化问题。检察机关在告知嫌疑人认罪认罚的法律规定和可能的法律后果时，往往只是简单地宣读相关文件，未能充分解释说明，导致嫌疑人对认罪认罚的性质和后果缺乏深入理解 。在量刑协商过程中，检察机关占据主导地位，嫌疑人及其辩护人往往处于被动接受的地位，难以充分表达自己的意见和诉求。
审判阶段，法院对认罪认罚案件的审查存在流于形式的情况。法院在审理认罪认罚案件时，往往过于依赖检察机关的指控和量刑建议，对案件事实和证据的审查不够严格，对嫌疑人认罪认罚的自愿性和合法性审查也不够深入 。
三、诉讼结构层面
（一）审判中心主义受到冲击
审判中心主义强调审判在刑事诉讼中的核心地位，要求侦查、起诉活动都应围绕审判进行，以确保案件事实的查明和法律的正确适用。然而，在认罪认罚案件中，庭审形式化、法官对量刑建议过度依赖等现象，对审判中心地位构成了严峻挑战。在认罪认罚案件中，庭审形式化问题较为突出。由于犯罪嫌疑人认罪认罚，控辩双方对案件事实和罪名通常没有争议，导致庭审过程简化，质证、辩论等环节流于形式。这种形式化的庭审，无法发挥庭审应有的查明事实、保障人权、维护公正的功能，使得审判中心主义的实质内涵难以得到体现。
法官对量刑建议的过度依赖，也削弱了审判的独立性和公正性。根据法律规定，对于认罪认罚案件，人民法院依法作出判决时，一般应当采纳人民检察院指控的罪名和量刑建议 。这一规定使得法官在审理认罪认罚案件时，往往对检察机关的量刑建议缺乏实质性审查，即使发现量刑建议存在问题，也因担心承担责任而不敢轻易改变。这种对量刑建议的过度依赖，使得法官无法充分发挥审判职能，难以对案件作出公正的判决，破坏了审判中心主义下各诉讼主体之间的平衡关系。
此外，认罪认罚案件中，侦查、起诉阶段的主导性增强，也对审判中心主义产生了冲击。由于犯罪嫌疑人在侦查和起诉阶段就认罪认罚，使得侦查机关和检察机关在案件处理过程中的权力和影响力增大，审判机关在一定程度上沦为对侦查、起诉结果的确认机关。这种诉讼结构的变化，使得审判中心主义所强调的以审判为核心、各诉讼阶段相互制约的理念难以实现，影响了刑事诉讼的公正性和权威性。
（二）控辩关系失衡加剧
在认罪认罚案件中，公诉机关与嫌疑人及其辩护人在量刑协商中的地位差异明显，导致控辩关系失衡加剧，严重影响了诉讼的公正性。公诉机关在量刑协商中占据主导地位。公诉机关作为代表国家提起公诉的机关，掌握着案件的证据、法律适用等关键信息，具有专业的法律知识和丰富的诉讼经验。在量刑协商过程中，公诉机关往往处于主动地位，能够提出具体的量刑建议，并要求嫌疑人及其辩护人接受 。而嫌疑人及其辩护人在信息获取、法律知识等方面相对处于劣势，难以与公诉机关进行平等的协商。
嫌疑人及其辩护人的权利保障不足，进一步加剧了控辩关系的失衡。在认罪认罚案件中，虽然法律规定嫌疑人有权获得律师的帮助，但如前文所述，实践中律师的帮助往往不够充分。嫌疑人在缺乏有效法律帮助的情况下，难以准确判断公诉机关的量刑建议是否合理，也无法充分表达自己的意见和诉求 。在一些案件中，辩护人因担心得罪公诉机关，影响今后的工作，在量刑协商中也不敢充分发表意见，导致嫌疑人的合法权益得不到有效保障 。
此外，量刑协商过程缺乏有效的监督和制约机制，也使得控辩关系失衡问题难以得到纠正。目前，对于量刑协商的程序、内容等方面，缺乏明确的法律规定和监督措施，公诉机关在量刑协商中享有较大的自由裁量权，容易出现权力滥用的情况 。
四、司法资源配置层面
（一）资源错配现象显现
在认罪认罚制度实施过程中，部分不符合条件的案件适用认罪认罚程序，以及因后续申诉、抗诉导致司法资源浪费的案例时有发生，这反映出司法资源错配现象较为严重。一些案件并不符合认罪认罚程序的适用条件，但由于种种原因仍被适用，导致司法资源的不合理分配。对于一些事实不清、证据不足的案件，本应通过普通程序进行全面、深入的审理，以查明案件事实，确保公正裁判。但在实践中，有的办案机关为了追求认罪认罚适用率，或者为了尽快结案，将此类案件适用认罪认罚程序 。在 “一起故意伤害案” 中，案件的关键证据存在疑点，证人证言之间相互矛盾，案件事实尚未查明。然而，办案机关为了提高认罪认罚适用率，在没有充分调查核实证据的情况下，诱导被告人认罪认罚，并适用了认罪认罚程序。在庭审过程中，由于证据问题，案件多次延期审理，最终还是无法认定被告人的罪行，不得不重新启动普通程序进行审理。这不仅浪费了大量的司法资源，也延误了案件的处理进程，损害了司法的权威性。
因嫌疑人反悔、申诉或者检察机关抗诉等原因，导致案件进入二审或再审程序，造成司法资源的二次消耗。在一些认罪认罚案件中，嫌疑人在签署认罪认罚具结书并获得从宽处理后，又以各种理由提出上诉，试图通过上诉获得更轻的刑罚 。
